From: Nilgün Belma Bugüner (nilgun@belgeler.gen.tr)
Date: Mon 29 Aug 2005 - 15:35:18 EEST
Selam,
Problemi biraz daha açar mısınız?
4 bazlık bütüne dörtlü diyelim. Bu dörtlüler 256 çeşit mi, 24 çeşit mi?
Her halükarda her baz iki bit olacak, her dörtlü 1 bayt ama birinde
256 tabanında bir sayı kümemiz, diğerinde 24 tabanında bir sayı kümemiz
olacak. Dolayısıyla veri girerken de çözümlerken de her dörtlüye belli
bir karakter karşılık gelecek. Yani 2 bitlik bit alanlarıyla, 32 bitlik
çözümlemesi zor int'lerle, bayt sıralaması sorunlarıyla uğraşmayacaksınız.
AAAA -> 0
AAAB -> 1
AAAC -> 2
gibi...
Esen kalın,
Nilgün
Cts 27 Ağu 2005 14:38 sularında, serdar güler şunları yazmıştı:
> Herkese iyi günler,
>
> Biyoteknoloji ile ilgili bir tez çalışmam var, genome database şeklinde
> bir uygulama yazmak gibi bir düşüncemiz var.
>
> Genetiğe uzak olanlar için küçük bir için bilgi vereyim. DNA'yı
> oluşturan sadece 4 farklı çeşit baz var (adenin (A), timin(T), guanin(G)
> ve cytosine (C)).
>
> başka yazılmış databaseleri biraz inceledim, anladığım kadarıyla bu
> veriler -en azından benim gördüklerimde- karakter değişkenler olarak
> tanımlanmış ama aslen 2 bitlik değişkenler ile tanımlanıp bir hayli yer
> kazanımı olabilir gibi geldi. Bu mümkün müdür? tabii mesela insanın
> genomunda 10^7-10^8 arası baz olduğunu da eklersek ne kadar yer kazanımı
> olacağı konusunda bir fikir edinebilirsiniz sanırım.
>
> neyse programlama ile meslek olarak uğraşan insanlardan da tavsiye almak
> istedim sadece. Mesela ben şöyle bir şey yapmak istesem elimdeki 1000
> bazlık bir DNA dizisinin elimdeki hedef 10^7 lik DNA dizisindeki
> herhangi bir bölge ile % kaç benzerlik içerdiğini ya da en fazla hangi
> bölgeyle benzerlik içerdiğini anlamak için fonksiyonlar yazsam bu 2
> bitlik tanımlama hikayesi benim hızımı ne kadar arttırır. Sonuç olarak
> uğraşmaya değer mi?
>
_______________________________________________
Linux-programlama mailing list
Linux-programlama@liste.linux.org.tr
http://liste.linux.org.tr/mailman/listinfo/linux-programlama