From: serdar güler (e141598@metu.edu.tr)
Date: Sat 27 Aug 2005 - 14:38:26 EEST
Herkese iyi günler,
Biyoteknoloji ile ilgili bir tez çalışmam var, genome database şeklinde
bir uygulama yazmak gibi bir düşüncemiz var.
Genetiğe uzak olanlar için küçük bir için bilgi vereyim. DNA'yı
oluşturan sadece 4 farklı çeşit baz var (adenin (A), timin(T), guanin(G)
ve cytosine (C)).
başka yazılmış databaseleri biraz inceledim, anladığım kadarıyla bu
veriler -en azından benim gördüklerimde- karakter değişkenler olarak
tanımlanmış ama aslen 2 bitlik değişkenler ile tanımlanıp bir hayli yer
kazanımı olabilir gibi geldi. Bu mümkün müdür? tabii mesela insanın
genomunda 10^7-10^8 arası baz olduğunu da eklersek ne kadar yer kazanımı
olacağı konusunda bir fikir edinebilirsiniz sanırım.
neyse programlama ile meslek olarak uğraşan insanlardan da tavsiye almak
istedim sadece. Mesela ben şöyle bir şey yapmak istesem elimdeki 1000
bazlık bir DNA dizisinin elimdeki hedef 10^7 lik DNA dizisindeki
herhangi bir bölge ile % kaç benzerlik içerdiğini ya da en fazla hangi
bölgeyle benzerlik içerdiğini anlamak için fonksiyonlar yazsam bu 2
bitlik tanımlama hikayesi benim hızımı ne kadar arttırır. Sonuç olarak
uğraşmaya değer mi?
_______________________________________________
Linux-programlama mailing list
Linux-programlama@liste.linux.org.tr
http://liste.linux.org.tr/mailman/listinfo/linux-programlama