From: Bora Güngören (bora@boragungoren.com)
Date: Sat 27 Aug 2005 - 14:46:57 EEST
Merhaba,
C ve C++ da bit alanı tanımlamak mümkündür.
unsigned int genotip.2;
diyerek sadece 2 bit yer kaplayan ve iÅŸaretsiz bir deÄŸiÅŸken elde
edebilirsin. 0-1-2-3 değerlerinden birisine sahip olacaktır.
Bununla birlikte zaten çok sayıda baz varsa ne olur? Söz konusu
programlarda her bir baz için 1 char (yani 1 byte) kullanılmıyor. Bütün
bazların oluşturduğu bir gen baz sayısı kadar bit içeren kocamab bir
byte dizisi (yani C/C++ için char dizisi) olarak programlanıyor.
Zaten veri madenciliği ile keşfedilen şeyler de bazlar arasındaki
sıralama biçimleri ki bunlar da yeterince uzun biçimler. Yani çalışmanın
anlamlı olması açısından char dizileri kullanılmasında bir sorun yok.
Dolayısı ile bu tür bir uygulamada bit alanı tanımlamanın hız artırmak
açısından bir anlamı olmaz.
Bora.
serdar güler wrote:
> Herkese iyi günler,
>
> Biyoteknoloji ile ilgili bir tez çalışmam var, genome database
> şeklinde bir uygulama yazmak gibi bir düşüncemiz var.
>
> Genetiğe uzak olanlar için küçük bir için bilgi vereyim. DNA'yı
> oluşturan sadece 4 farklı çeşit baz var (adenin (A), timin(T),
> guanin(G) ve cytosine (C)).
>
> başka yazılmış databaseleri biraz inceledim, anladığım kadarıyla bu
> veriler -en azından benim gördüklerimde- karakter değişkenler olarak
> tanımlanmış ama aslen 2 bitlik değişkenler ile tanımlanıp bir hayli
> yer kazanımı olabilir gibi geldi. Bu mümkün müdür? tabii mesela
> insanın genomunda 10^7-10^8 arası baz olduğunu da eklersek ne kadar
> yer kazanımı olacağı konusunda bir fikir edinebilirsiniz sanırım.
>
> neyse programlama ile meslek olarak uÄŸraÅŸan insanlardan da tavsiye
> almak istedim sadece. Mesela ben şöyle bir şey yapmak istesem elimdeki
> 1000 bazlık bir DNA dizisinin elimdeki hedef 10^7 lik DNA dizisindeki
> herhangi bir bölge ile % kaç benzerlik içerdiğini ya da en fazla hangi
> bölgeyle benzerlik içerdiğini anlamak için fonksiyonlar yazsam bu 2
> bitlik tanımlama hikayesi benim hızımı ne kadar arttırır. Sonuç olarak
> uÄŸraÅŸmaya deÄŸer mi?
>
>
>------------------------------------------------------------------------
>
>_______________________________________________
>Linux-programlama mailing list
>Linux-programlama@liste.linux.org.tr
>http://liste.linux.org.tr/mailman/listinfo/linux-programlama
>
_______________________________________________
Linux-programlama mailing list
Linux-programlama@liste.linux.org.tr
http://liste.linux.org.tr/mailman/listinfo/linux-programlama